Ngày 27 tháng 9 năm 2007, TS. Nguyễn Quang A cùng 8 nhà nghiên cứu Hoàng Tụy, Phạm Chi Lan, Lê Đăng Doanh, Chu Hảo, Tương Lai, Phan Huy Lê, Trần Đức Nguyên, Trần Việt Phương thành lập Viện Nghiên cứu Phát triển IDS. Viện IDS với tư cách một tổ chức độc lập, vừa là tổ chức mở, phi vụ lợi chuyên nghiên cứu các vấn đề liên quan đến các chính sách, chiến lược, kế hoạch phát triển cho các cơ quan nhà nước và các tổ chức kinh tế xã hội. Ông cho rằng có nhiều tiếng nói độc lập như IDS hẳn tốt hơn là không có và nếu có tạo ra một trào lưu nhiều viện nghiên cứu chính sách tư nhân độc lập thì đó cũng là dấu hiệu đáng mừng [3].
Ngày 2 tháng 9 năm 2015, ông cho biết mình đã bị công an "câu lưu trái phép” 15 tiếng ngày hôm trước tại phi trường Nội Bài khi trở về từ Mỹ với lý do là xem xét hộ chiếu của ông đã hết hạn chưa, mặc dù nó vẫn còn giá trị 5 năm. Ông cho biết, sẽ nhờ luật sư để chấm dứt “một lần và mãi mãi" điều mà ông cho là "sự vi phạm hết sức là trắng trợn” ở sân bay và cửa khẩu[4][5][6].
Tháng 3 năm 2016 ông ứng cử đại biểu Quốc hội khóa XIV, nhiệm kỳ 2016-2021 với tư cách chuyên gia độc lập về tin học, kinh tế, tài chính, nhà báo tự do[7]. Kết quả ông bị loại từ ngay vòng lấy phiếu tín nhiệm tại nơi cư trú khi chỉ giành được 6/75 phiếu ủng hộ. Ông Nguyễn Sỹ Phúc, Trưởng ban công tác mặt trận tổ 13, phường Gia Thụy, nơi ông Quang A cư trú nêu lý do rằng hai vợ chồng ông Quang A ở tại đây được mấy năm nhưng không tham gia các hoạt động tổ dân phố, ít giao lưu với hàng xóm nên ông không có được tín nhiệm của người dân ở nơi cư trú.
Ngày 23 tháng 3 năm 2016, lúc 9h20, ông đang uống cà phê tại số 02 Triệu Quốc Đạt gần nơi Anh Ba Sàm bị xử án thì bị 6 thanh niên khiêng và áp giải lên xe và đưa về đồn công an phường Gia Thụy. Một cảnh sát điều tra đến tra hỏi. Đến gần 13g thì ông được trả tự do.
Ngày 23 tháng 5 năm 2016, theo người trong gia đình thuật lại, ông đã bị một số người lạ mặt bắt đi trước khi có thể cùng nhóm các nhà hoạt động dân sự được mời gặp Tổng thống Mỹ Barack Obama trong chuyến công du tới Việt Nam[8].
Ông có quan điểm ngược lại với Quyết định số 97 của Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng về việc Thành lập các Tổ chức Khoa học và Công nghệ; và Hội đồng Viện IDS đã quyết định tự giải thể Viện Nghiên cứu Phát triển IDS trước khi Quyết định 97 có hiệu lực. Trong khi đó, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng yêu cầu các cơ quan chức năng khẩn trương thực hiện Quyết định 97 và xử lý "thích hợp, đúng quy định" đối với việc Viện Nghiên cứu Phát triển (IDS) tự giải thể. Thủ tướng cũng yêu cầu xử lý "những phát biểu thiếu tinh thần xây dựng của một số cá nhân" thuộc IDS [3][10].
Ông có nhiều ý kiến chính thức khác với quan điểm của Chính phủ về việc xây dựng nhà máy điện nguyên tử[11].
Tháng 12 năm 2009, Ông có bài viết trên báo phê phán quan chức kiêm quản lý doanh nghiệp nhà nước[12].
Ông đứng đầu trong danh sách những người đã ký trong "Kiến nghị về sửa đổi Hiến pháp 1992" phổ biến vào ngày 19 tháng 01 năm 2013 tại Hà Nội [13]
Theo BBC Việt ngữ, ngày 9.12.2015, ông cùng với 126 người[14] đã gửi một bức thư ngỏ đến Bộ Chính trị, Ban Chấp hành Trung ương khóa XI, các đại biểu dự Đại hội lần thứ XII và toàn thể đảng viên Đảng Cộng sản Việt Nam. Bức thư đề nghị "đổi tên Đảng (không gọi là Đảng Cộng sản); đổi tên nước (không gọi là Cộng hòa xã hội chủ nghĩa); trả lại tự do cho những người khác chính kiến đang bị giam giữ; chấm dứt sự trấn áp và ngăn chặn nhân dân thực hiện quyền tự do dân chủ theo Hiến pháp" đồng thời nêu ý kiến "Thực tiễn của nước ta cũng như trải nghiệm của nhiều nước trên thế giới đã cho thấy rõ sai lầm và thất bại của đường lối xây dựng chủ nghĩa xã hội theo chủ nghĩa Mác - Lênin".[15]
